Для любого, кто бьется головой об этом, мой опыт - ошибка ошибочна или в лучшем случае очень вводит в заблуждение.
После просмотра всех разрешений, а затем перетаскивания файлов в пакет и из него для тестирования Application Loader ошибка волшебным образом исчезла, и те же файлы с теми же разрешениями перестали выдавать ту же ошибку.
Это действительно не решение, но может быть важно знать, что эта ошибка может быть не такой, как кажется (проверено на 10.9.4).