Entity Framework поддерживает только подмножество доступных функций sql (частично, чтобы оставаться совместимым с целым рядом поставщиков). Однако даже LINQ-to-SQL (который поддерживает намного больше специфических конструкций SQL-Server, таких как UDF) не поддерживает полнотекстовый AFAIK.
Я считаю, что вам нужно использовать хранимую процедуру / udf. Подход UDF предпочтителен, так как уровень метаданных намного сильнее, и он компонуется на сервере db - однако Entity Framework не (или не сделал, в прошлый раз, когда я проверял) как UDF; использовать хранимую процедуру.