Из скрипта Powershell вы можете попробовать это. У меня была только одна версия сборки в GAC, поэтому она работала просто отлично.
cd "c:\Windows\Microsoft.NET\assembly\GAC_MSIL\"
Get-ChildItem assemblypath -Recurse -Include *.dll | Copy-Item -Destination "c:\folder to copy to"
где путь сборки может использовать подстановочные знаки.