Я столкнулся с другой причиной для этого.Вероятно, очень редкие обстоятельства.
Я скопировал весь свой репозиторий в другую папку для работы над ним.Изменения, которые я сделал в подмодуле, просто не были обнаружены git.Оказалось, что файл .git в папке submodule содержал абсолютную ссылку на файл с оригинальной копией.Как только я исправил ссылку на файл, указав на мою рабочую копию, все стало хорошо.