Хорошо, это самый простой способ: когда вы хотите запустить хроно:
StartTime=System.currentTimeMillis(); // I've defined StartTime as a double
Тогда вам просто нужно сравнить текущее время с StartTime:
millis=System.currentTimeMillis()-StartTime; // Millis is a double too
// If you'd want seconds, add seconds=(int) milis/1000; etc.
И так вы можете играть с Милисом (Настало ли время, которое я хотел? Сколько времени считать? ...)