Поскольку необходимо создать новую таблицу, скопировать все данные, создать новые индексы и удалить старую таблицу.Оба механизма хранения имеют очень разные способы хранения данных на диске, поэтому преобразование не является чем-то простым.
Вы можете попробовать просто выгрузить таблицу в SQL, отредактировать дамп так, чтобы оператор создания таблицы использовал InnoDB вместо MyISAM,и загрузить его обратно.Я думаю, что это может быть немного быстрее.
Также обратите внимание, что значения по умолчанию для буферного пула InnoDB в вашем my.cnf
могут быть действительно низкими, в результате чего InnoDB не получает почти достаточно памяти для эффективной работы.