Независимо от того, поставляется ли библиотека jQuery с вашего собственного сервера или CDN, вы добавите новые функции таким же образом.
jQuery.fn.yourCustomFunction = function(){};
Это будет сделано внутри ваших собственных файлов Javascript, и вы никогда не должныредактирование самого файла библиотеки jQuery.