Если вы можете управлять им, javadoc может генерировать объединенную документацию при условии, что вы объединяете источники ввода. Возможно, есть более элегантное решение; но почему бы не скопировать все источники в объединенное дерево и затем запустить javadoc?
Другой вариант заключается в использовании опции -link, при которой документация одного сайта ссылается на документацию другого сайта. Обратите внимание, что если вы выберете эту опцию, вы также можете захотеть взглянуть на опцию linkoffline для гибкости в ваших сборках javadoc (если вам не удастся развернуть документацию на веб-серверах в правильном порядке, прежде чем она понадобится в последующих сборках).