В MVC для 4.6 Framework это делается двумя способами: первый находится в Web.Config, как и следовало ожидать, второй выполняется в файле проекта и используется для настройки IIS Express:
<PropertyGroup>
..
<IISExpressAnonymousAuthentication>enabled</IISExpressAnonymousAuthentication>
<IISExpressWindowsAuthentication>disabled</IISExpressWindowsAuthentication>
</Property
Отключит проверку подлинности Windows и будет использовать анонимный при разработке, но не используется для развертывания приложения.