Если аудитория техническая (используется для форматирования структур данных), то мне нравится использовать JSON для конфигурации. В вашей программе это будет работать так же, как если бы вы использовали YAML, но мне легче читать (и мы все равно используем много JSON).
Если вы используете JSON :: XS, есть «расслабленная» опция, которая позволяет оставлять комментарии и запятые в файлах и тому подобное.