Я тщательно пересмотрел список переключателей на http://peter.sh/experiments/chromium-command-line-switches/#chrome-frame и не смог найти ничего, что запустило бы Chrome в скрытом фоновом процессе.
Самое близкое, на что я смог, это --keep-alive-for-test
+ пользовательское упакованное приложение, но приложение не может выполнить любой переданный код, потому что (как он сообщает) «нет окна - ChromeHidden».