Firefox не имеет проблем с идентификаторами - в 99% случаев это происходит потому, что у вас либо пропущен идентификатор, либо вы дублировали идентификатор.
идентификаторы должны быть уникальными во всем документе.
, чтобы ответить на ваш вопрос, хотя:
<iframe id="frame1"></iframe>
<iframe id="frame2"></iframe>
<input type="button" onclick="refreshFrames()" value="refresh frames" />
<script type="text/javascript">
function refreshFrames(){
frame1 = document.getElementById('frame1');
frame2 = document.getElementById('frame2');
if(frame1.contentDocument){
frame1.contentDocument.location.reload(true);
frame2.contentDocument.location.reload(true);
} else {
frame1.contentWindow.location.reload(true);
frame2.contentWindow.location.reload(true);
}
}
</script>
(Для IE может потребоваться использовать contentWindow вместо contentDocument в зависимости отв версии IE, которую вы пытаетесь поддерживать)