Это так.Если я помещу панель в панель прокрутки, положение местоположения меняется при прокрутке:
Private Sub Panel1_Scroll(ByVal sender As Object, ByVal e As ScrollEventArgs) Handles Panel1.Scroll
Me.Text = Panel2.Location.ToString
End Sub
Убедитесь, что у вас нет элемента управления внутри другой панели, которая прокручивается, тогда свойство location нене меняется.
В противном случае посмотрите на функции PointToScreen и PointToClient или настройте свои значения в соответствии со значением AutoScrollPosition родительского элемента прокрутки.