Я не уверен, какой дистрибутив вы используете, поэтому вот как я обычно решаю эти типы проблем.
1. установить программу с именем nmap (она сканирует порты)
2. запустите 'nmap localhost' (замените localhost тем сервером, на котором работает ваша база данных, если он не локальный)
3. проверьте, работает ли ваша база данных (mysql)
Если нет, то сделайте что-нибудь с эффектом «перезапуска служб mysqld» (это перезапустит демон mysql). Если это исправит это, то посмотрите, есть ли у этого сервиса автозапуск. Если вы получили ошибку с этой командой, возможно, MySQL не установлен.