В Windows нет скрытых процессов. Только процессы, на которые у вас нет прав (безопасности).
Процесс, выполняемый от имени администратора (в Vista / Win7 / Win2k8 необходимо повысить уровень), всегда сможет видеть все процессы.
Однако консольное приложение, в котором перечислены процессы, может завершиться до обновления дисплея диспетчера задач и, следовательно, не будет отображаться. Это вероятно для простой программы, даже если скорость обновления установлена на «высокое».
Вам нужно продолжать процесс, пока диспетчер задач не обновит свой дисплей. Простейшим способом было бы добавить следующие операторы в конец вашего метода Main:
Console.Write("Press ENTER to exit");
Console.ReadLine();