Если у вас есть это:
A - B <- mybranch
Где вы зафиксировали некоторый контент в коммите B:
/modules/a/file1
/modules/a/file2
/modules/b/file3
/modules/b/file4
Но вы хотите разделить B на C - D и получить такой результат:
A - C - D <-mybranch
Вы можете, например, разделить контент (контент из разных каталогов в разных коммитах) ...
Сбросить ветку до коммита до того, как разделить:
git checkout mybranch
git reset --hard A
Создать первый коммит (C):
git checkout B /modules/a
git add -u
git commit -m "content of /modules/a"
Создать второй коммит (D):
git checkout B /modules/b
git add -u
git commit -m "content of /modules/b"