Если dll уже находится в GAC, удаление существующих dll не будет работать.
Попробуйте пометить ссылку как Specific Version = true
(щелкните правой кнопкой мыши -> Свойства).
EDIT:
После того, как вы добавили ссылку (даже если на самом деле был добавлен неправильный), отредактируйте ваш файл csproj, найдите ссылку и отредактируйте ее с вашими конкретными свойствами dll:
<Reference Include="Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Logging, Version=5.0.414.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35, processorArchitecture=MSIL">
<SpecificVersion>True</SpecificVersion>
<HintPath>..\..\ExternalLibrary\Microsoft.Practices.EnterpriseLibrary.Logging.dll</HintPath>
</Reference>