У меня была похожая проблема в последние пару месяцев, но она игнорировалась до тех пор, пока мне действительно не понадобился PyDev для работы на моем ноутбуке сегодня.
Я попробовал решения, описанные выше, но безрезультатно, а потом обнаружил нечто странное:
В (Window-> Preferences-> Install / Update-> Available Software) я заметил, что флажок «Сайт обновления PyDev» И еще один прямо под ним с местоположением «файл: / updates» были оба проверены, вызывая дубликат большинства или всех обновлений URL. После снятия флажка с местоположением «file: / updates» я смог выполнить обновление (Справка-> Проверить наличие обновлений), после чего была успешно установлена последняя версия PyDev.
Это решение может быть неприменимо только к обновлениям PyDev и может помочь другим с подобными проблемами.