Вы можете установить Main Interface
на вкладке Сводка цели вашего приложения.
Посмотри это изображение:

РЕДАКТИРОВАТЬ: Или, как написал Алан, вы можете установить его в файле info.plist.
РЕДАКТИРОВАТЬ 2: Ох. Я понимаю, в чем твоя проблема. Вы можете использовать MainWindow в качестве основного файла .xib, но вы должны отредактировать, какой файл .xib загружен в MainWindow. Откройте MainWindow.xib и выберите используемый контроллер представления. Если я прав, его класс установлен на A
. Если вы хотите использовать B.xib, вы должны изменить класс на B
. Вы также должны будете установить NIB, используемый для контроллера представления, в Инспекторе Атрибутов.
Установить класс для UIViewController, используемого в MainWindow.xib:

Установить NIB:
