У меня точно такая же проблема.
Я использовал команду
findprivatekey root localmachine -n "CN="CertName"
результат показывает, что закрытый ключ находится в папке c: \ ProgramData вместо C: \ Documents andundngs \ All users ..
Когда я удаляю ключ из папки c: \ ProgramData, снова выполнить команду findPrivatekey не удается. то есть. он не находит ключ.
Но если я найду тот же ключ, возвращенный предыдущей командой, я все равно смогу найти ключ в
C: \ Документы и расчеты \ Все пользователи ..
Поэтому, насколько я понимаю, IIS или размещенный WCF не находят закрытый ключ в C: \ Documents andundngs \ All users ..