У меня и раньше была эта проблема при использовании Maven и Eclipse - я буду работать в перспективе Scala, и все хорошо, а затем в какой-то момент Indigo полностью теряет тот факт, что использует Scala Сборка моего кода с помощью компилятора Java. Кажется, что нет никакой необходимости возиться с Build Path и конфигурациями, проектами очистки или включением природы Scala.
Единственное решение, которое я до сих пор придумал, - это использовать IntelliJ, когда я использую Maven, и использовать плагин Scala Eclipse только при использовании SBT для построения проектов. Вы можете попробовать преобразовать Maven POM в проект SBT, но вам придется обновлять его каждый раз, когда изменяются ваши зависимости. Плагин sbt-eclipse от Heiko Seeberger довольно приятный.