Увеличение времени ожидания является одним из вариантов, однако я бы также предложил рассмотреть подход, который бы строил ваши массивы по нескольким кадрам, который делит работу на отдельные задания. Пока вы периодически возвращаете управление проигрывателю Flash Player, вы не получите это исключение.
Я не уверен в специфике вашей проблемы, однако вам нужно будет найти способ распараллелить или просто сегментировать ваши вычисления. Если ваш алгоритм сосредоточен вокруг одного основного цикла, то подумайте о создании функции, которая принимает все аргументы, необходимые для записи контекста одной итерации. Затем создайте простой цикл управления, который будет вызывать эту функцию и определять, когда ждать следующего кадра, а когда - нет. Использование затворов AS3 также может помочь в этом.