Необработанный SQL - это строка с параметрами форматирования, что означает, что% указывает параметр для форматирования. В вашей строке есть%. Вы должны удвоить их, чтобы защитить их от интерпретации:
diary = models.SablogArticles.objects.raw("""
SELECT
articleid,
DATE_FORMAT(from_unixtime(dateline),'%%Y-%%m') as newtime,
count(*) as howmany
FROM sablog_articles group by newtime
""")