Я не думаю, что есть общий способ сделать это, по крайней мере, не очень элегантный.
Некоторые неумелые идеи:
Возможно, вы сможете изменить систему X Window или даже какую-то инфраструктуру инструментария для извлечения того, что отображается в определенных элементах окна, в виде текста.
Вы можете сделать снимок экрана и использовать библиотеку OCR, чтобы преобразовать пиксели обратно в текст для интересных областей.
Вы можете перекомпилировать интересующие приложения, чтобы добавить какой-то механизм для того, чтобы задавать им вопросы.
Вы можете использовать что-то вроде xtest для вставки событий, выделяющих интересующую область и копирования их в буфер обмена.