Я еще раз посмотрел на это, и ответ таков: ThemeRoller для jQueryMobile совместим только с выпуском jQM 1.0.x.
Тодд Паркер Ответил на вопрос здесь в выпуске jQueryMobiletracker.
Тайлер Бенцингер Ответил на вопрос здесь, в трекере выпусков Theme Roller.
Кажется, нам придется подождать, пока Theme Roller будет поддерживать темы версии 1.1.
Обновление: решение
В вашем theme.css закомментируйте или удалите раздел .ui-icon-loading и вставьте следующее (из css 1.1-rc1)
/* loading screen */
.ui-loading .ui-loader { display: block; }
.ui-loader { display: none; z-index: 9999999; position: fixed; top: 50%; box-shadow: 0 1px 1px -1px #fff; left: 50%; border:0; }
.ui-loader-default { background: none; opacity: .18; width: 46px; height: 46px; margin-left: -23px; margin-top: -23px; }
.ui-loader-verbose { width: 200px; opacity: .88; height: auto; margin-left: -110px; margin-top: -43px; padding: 10px; }
.ui-loader-default h1 { font-size: 0; width: 0; height: 0; overflow: hidden; }
.ui-loader-verbose h1 { font-size: 16px; margin: 0; text-align: center; }
.ui-loader .ui-icon { background-color: #000; display: block; margin: 0; width: 44px; height: 44px; padding: 1px; -webkit-border-radius: 36px; -moz-border-radiu$
.ui-loader-verbose .ui-icon { margin: 0 auto 10px; opacity: .75; }
.ui-loader-textonly { padding: 15px; margin-left: -115px; }
.ui-loader-textonly .ui-icon { display: none; }
.ui-loader-fakefix { position: absolute; }
/* loading icon */
.ui-icon-loading {
background: url(images/ajax-loader.gif);
background-size: 46px 46px;
}
Убедитесь, что в папке с изображениями тем есть новый файл ajax-loader.gif.