У меня была такая же проблема.Я следовал инструкциям из этого сообщения в блоге, и у меня все работало нормально.Я использовал Xcode 4.2 на OS X 10.7.3.
Я думаю, что хитрость заключается в том, чтобы удалить невидимую папку ".git" из каталога проекта через командную строку ... в дополнение к удалениюрепозитории через графический интерфейс Xcode.
Я сейчас использую SourceTree с Mercurial на BitBucket, и я очень счастлив!: -)