Я думаю, что xcode 3 использует последнее, а xcode 4 использует первое.
Они взаимозаменяемы?
.xcdatamodeld - это контейнер для файлов .xcdatamodel.Он используется для управления версиями и миграции.При переходе от v1 модели к v2 вы добавляете новую модель xcdatamodel, которая имеет v2 вместе с моделью отображения.