Насколько это серьезный компилятор?
Если синтаксис не является достаточно сложным, синтаксический анализатор должен работать не более чем в 10-100 раз медленнее, чем просто индексирование символов входного файла.
Аналогично, генерация кода должна быть ограничена форматированием вывода.
Вам не следует беспокоиться о проблемах с производительностью, если вы не создаете большой серьезный компилятор, способный обрабатывать мега-линейные приложения с большим количеством заголовочных файлов.
Тогда вам нужно беспокоиться о предварительно скомпилированных заголовках, проходах оптимизации и связывании.