Это на самом деле проблема с порталом, а не с самой лазурью. Перейдите в раздел «Добавить сертификат» на портале, нажмите кнопку обзора, перейдите в папку, где находится ваш файл .cer. Перечисленные файлы фильтруются в файлы .pfx, поэтому вы не увидите файл, который хотите импортировать, но, если вы введете имя файла, он будет работать.