У меня была похожая проблема. Сначала я делал универсальное приложение, но в итоге клиент хотел раздельных цен на iPhone и iPad. Поэтому я создал новую цель в xcodeproject.
Когда я хотел заархивировать целевой iPad, у меня возникла проблема с неопределенной версией.
Вот решение.
В наборе проектов Пропустить установку до NO .
Когда вы хотите архивировать iPhone набор проектов Пропустить установку в NO в iPhone target и Пропустить установку до ДА в IPad target .
Если вы хотите архивировать iPad проект установлен Пропустить установку до ДА в iPhone target и Пропустить установку до NO в iPad target, и оно должно работать.