Вы также хотели удалить элементы, если они были в этом каталоге. rmdir не позволяет вам удалять каталоги, содержащие файлы. Но есть простое решение.
array_map('unlink', glob($target.'/*/*'));
array_map('rmdir',glob($target."/*",GLOB_ONLYDIR));
Сначала будут удалены все файлы во всех подкаталогах.
Во-вторых, он удалит все каталоги, потому что они не содержат файлов.
Если вы получили подкаталоги, то вам нужно добавить еще 2 строки, например:
array_map('unlink', glob($target.'/*/*/*')); //remove sub-sub-files
array_map('rmdir',glob($target."/*/*",GLOB_ONLYDIR)); //remove sub-sub-directories
array_map('unlink', glob($target.'/*/*')); //remove sub-files
array_map('rmdir',glob($target."/*",GLOB_ONLYDIR)); //remove sub-directories