Я думаю, что вы ищете более простой подход, чем Java Web Start.
Я предполагаю, что вы являетесь пользователем Windows, так как вам нужен файл .exe.
Так что, как только у вас будет экспортированный файл MyProgram.jar, вам нужно всего лишь создать .bat файл
которая содержит единственную строку:
java -jar MyProgram.jar
и поместите этот execute.bat
файл в ту же папку, что и ваш MyProgram.jar
Этот подход работает и для Linux, только вам нужно поместить его в аналогичный файл и выполнить ту же команду.
Прочитайте здесь http://javabeanz.wordpress.com/2009/01/29/running-an-executable-jar-from-command-line/ для более подробных объяснений.