Как и многие другие, я предлагаю вам использовать Eclipse. Он отлично работает в Linux, и через несколько дней вы найдете его не таким недружелюбным.
Более того, если вы начнете разрабатывать более сложные программы на Java, вы уже знакомы со стандартной, полной и открытой средой IDE, которая также является основой для многих других профессиональных IDE для других языков, таких как Adobe Flex Builder, Aptana Red Rails и т. Д.