Вам понадобится программа командной строки sqlite3.exe. Затем вы можете поместить в свой пакетный файл:
sqlite3 dbname "INSERT INTO TableName (ColName1, ColName2) VALUES (%1, %2);"
Также обратите внимание, что вам нужно знать о типах данных столбцов, и, если ЗНАЧЕНИЯ для этих типов данных требуют цитирования, вам необходимо добавить кавычки в командную строку (и обрабатывать встроенные кавычки в значениях если это возможно)