Да, вы можете исключить файлы из системы контроля версий в своих проектах.
Например (в Visual Studio), если вы добавили файл ConnectionStrings.config в свой проект, затем выберите файл ConnectionStrings.config в обозревателе решений, а затем выберите «Исключить ConnectionStrings.config из управления исходным кодом» в File-> Меню управления источником. Теперь ваш файл будет игнорироваться Source Control и не будет проверен в Source Control.
Примечание. Если щелкнуть правой кнопкой мыши файл ConnectionStrings.config в обозревателе решений и вызвать контекстное меню для него, появится пункт меню «Исключить из проекта», ЭТОТ НЕ параметр для исключения из управления исходным кодом. Так что не запутайтесь между «Exclude ConnectionStrings.config from Source Control» и «Exclude From Project»; они не одно и то же. «Исключить ConnectionStrings.config from Source Control» можно только в меню «Файл» -> «Управление источником».