Я только что нашел свой ответ :-)
Это потому, что по умолчанию проект Windows Azure не зависит от вторичных веб-сайтов, поэтому процесс сборки может выбрать компиляцию этих проектов после завершения упаковки,Это можно изменить, щелкнув правой кнопкой мыши узел проекта Windows Azure в обозревателе решений Visual Studio, выберите «Зависимости проекта» и укажите, что он зависит от всех проектов, которые необходимо включить в пакет развертывания: