Если вам нужно исключить не только файлы .html:
Вы не можете разделять запятые списком внутри опции исключения. Это не работает:
ctags --exclude=*.html,*.js ./*
Однако вы можете передать несколько опций исключения:
ctags --exclude=*.html --exclude=*.js ./*
Передайте опцию -V, чтобы помочь с отладкой:
ctags -V --exclude=*.html --exclude=*.js ./*
Дает вывод:
Reading initial options from command line
Option: --exclude=*.html
adding exclude pattern: *.html
Option: --exclude=*.js
adding exclude pattern: *.js