Откройте файл SQL и добавьте синтаксис CREATE DB в начало.
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa258257.aspx
Сохраните его и запустите с помощью sqlcmd или анализатора запросов.
Или используйте Management Studio для создания пустой базы данных и выполните запрос sql к этому.
Из того, что я видел в мастере публикации сервера sql, он не создаст для вас БД, только таблицы и данные.