Обычно Eclipse должен иметь возможность автоматически разрешать стандартные включаемые файлы. Это делается путем вызова gcc и запроса его конфигурации. Скорее всего, Eclipse не находит ваш gcc (или, по крайней мере, не версию, которую вы используете для компиляции).
Вместо того, чтобы указывать все стандартные пути включения в настройках проекта, вы, вероятно, захотите убедиться, что Eclipse находит gcc. Добавьте каталог, в котором находится gcc, к переменной среды PATH перед запуском Eclipse.
Если вы хотите, чтобы в разных проектах использовались разные компиляторы, вы можете настроить параметры обнаружения. По умолчанию они скрыты, поэтому сначала включите их в меню «Окно»> «Установки»> «C / C ++»> «Настройки страниц свойств»> «Страница параметров поиска». Затем вы можете найти их в C / C ++ Build> Discovery Options в свойствах проекта.