Это очень похоже на фоновую компиляцию; хотя, если вы прекомпилируете, это не должно быть проблемой.
Первое, на что я бы посмотрел, это на ваш ORM (если есть). В частности, NHibernate имеет серьезные штрафы при запуске, поскольку при запуске он запускает несколько компиляторов в фоновом режиме, чтобы превратить каждый класс на уровне данных в собственную сборку в памяти.