В проекте установки Visual Studio вы контролируете путь установки по умолчанию, устанавливая свойство DefaultLocation папки Application Folder в редакторе File System.
Это, в свою очередь, как вы обнаружили, по умолчанию [ProgramFilesFolder][Manufacturer][ProductName]. Вы можете либо полностью заменить это свойство (хотя вы должны сохранить [ProgramFilesFolder], как минимум), либо изменить эти свойства.
[ProgramFilesFolder] встроен и корректно ведет в каталог Program Files на целевом компьютере, независимо от того, как настроена настройка Window. Два других свойства являются свойствами проекта установки (выберите проект установки в обозревателе решений и проверьте сетку свойств, чтобы найти их). По умолчанию это имя компании, которое вы указали при установке Visual Studio, и имя проекта установки.