Для iPhone и N95 это работает:
Если вы загружаете текстуру из необработанных данных, установите для внутреннего и исходного формата значение GL_RGBA.
glTexImage2D(GL_TEXTURE_2D, 0,
GL_RGBA,
textureWidth,
textureHeight,
0,
GL_RGBA,
GL_UNSIGNED_BYTE,
pointerToPixels);
А при рендеринге включите альфа-смешение:
glBlendFunc(GL_SRC_ALPHA, GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA);
glEnable(GL_BLEND);