Вы бы объявили свои основные скрипты jQuery на главной странице, как обычно:
<head runat="server">
<link href="/Content/Interlude.css" rel="Stylesheet" type="text/css" />
<script type="text/javascript" src="/Scripts/jquery-1.3.2.min.js"></script>
<asp:ContentPlaceHolder ID="head" runat="server">
</asp:ContentPlaceHolder>
</head>
И тогда любые JS-файлы, специфичные для страницы, могут быть загружены в элементы управления Content, которые ссылаются на Head ContentPlaceholder.
Однако, лучшим вариантом было бы посмотреть элементы управления ScriptManager и ScriptManagerProxy - они могут предоставить вам гораздо больший контроль над тем, как ваши файлы JS подаются клиент.
Таким образом, вы бы поместили элемент управления ScriptManager на свою главную страницу и добавили ссылку на основной код jQuery в этом виде:
<body>
<form id="form1" runat="server">
<asp:ScriptManager ID="ScriptManager1" runat="server">
<Scripts>
<asp:ScriptReference Path="/Scripts/jquery-1.3.2.min.js" />
</Scripts>
</asp:ScriptManager>
Затем на вашей странице, требующей некоторые пользовательские файлы JS или плагин jQuery, вы можете иметь:
<asp:Content ID="bodyContent" ContentPlaceholderID="body">
<asp:ScriptManagerProxy ID="ScriptManagerProxy1" runat="server">
<Scripts>
<asp:ScriptReference Path="/Scripts/jquery.fancybox-1.2.1.pack.js" />
</Scripts>
</asp:ScriptManagerProxy>
ScriptManager позволяет вам выполнять такие вещи, как управление тем, где на странице отображаются скрипты с помощью LoadScriptsBeforeUI (или еще лучше, после установки его в False).