Это не совсем то, что вы хотите сделать ... но, надеюсь, это полезно.
Перейти к представлению класса и переименовать пространство имен, используя Ctrl + R, R. Он обновит это пространство имен во всех файлах / папках, в которых он используется. Пока ваши пространства имен постоянны, он должен получить тот же результат, что и изменение всех пространств имен в папке.
Если ваши пространства имен не согласованы, и вы просто приводите в порядок, то, боюсь, у вас много щелчков перед вами (или позади вас, поскольку вы, вероятно, уже сделали это).