Если это все, что делает ваш код, нет причин, по которым он не будет работать из командной строки.Я подозреваю, что вы вырезали то, что сломано.Например:
public static void main(String[] args) throws Exception {
String site = "";
URL link = new URL("http://www.yahoo.com");
BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(link.openStream()));
//InputStream in = link.openStream();
String inputLine = "";
int count = 0;
while ((inputLine = in.readLine()) != null) {
site = site + "\n" + inputLine;
}
in.close();
System.out.println(site);
}
работает нормально.Другая возможность может быть, если вы запускаете его в Eclipse и из командной строки на двух разных компьютерах, и последний не может достичь http://www.yahoo.com.