Не уверен, что должно произойти, если "." это первый символ, я бы проверил на -1 в indexOf, также, если вы используете substr один раз, можно использовать его дважды.
if ( index != -1 ) {
input = input.substr( 0, index + 1 ) + input.substr(index + 1).replace( /\./g, '' );
}