Я согласен, что asp.net ajax UpdatePanels не идеальное решение.
Мы избегали их использования и вместо этого использовали библиотеки на стороне клиента для связи с сервером. Мне нравится то, что я видел на PDC о возможностях asp.net ajax 4.0 с декларативными компонентами и шаблонизацией на стороне клиента - очень приятно! Комбинация JQuery с существующими библиотеками дает довольно много - и я поставил под сомнение использование JQuery исключительно вместо этого, учитывая, что он занимает гораздо меньше места и имеет возможность делать много того же, что и клиентская библиотека asp.net ajax.
Что касается стека серверов - я еще не использовал MVC, но мы добились успеха, используя домашний подход MVP с использованием веб-форм.