В Linux вам нужно использовать -I
перед каждым каталогом, который вы хотите добавить.
Пример:
user:/home/my_project$ gcc -g -Wall -I/usr/include/lib_Directory/ -I./include -c ./src/transcod.c
./
означает текущий каталог, в котором вы запускаетекоманда, в данном случае my_project ;