Индекс "CLUSTERED" будет физически записывать записи вашей таблицы в порядке на жесткий диск. Поэтому удаление или изменение этого индекса может привести к тому, что SQL Server в основном «дефрагментирует» (переупорядочивает) ваш жесткий диск (ну, по крайней мере, ту часть, где находятся данные для этой таблицы).
Обратите внимание, что этот ответ не совсем технический ... но он предназначен для того, чтобы дать вам ответ "о, вот что происходит", который обычно более чем достаточно хорош.