В Windows есть много подсистем на выбор, которые работают на базовой ОС, поэтому помогает понять, к чему вы стремитесь. Например, если вы можете использовать библиотеку времени выполнения C, то вы можете просто использовать семейство функций _exec()
, которые очень похожи на их двоюродных братьев Unix. Возможно, вы можете изменить jniexec для работы с окнами, используя их.